La preocupación por conservar las formaciones geológicas del "Bosque de Rocas de Huayllay" tiene como antecedentes desde 1620 al ser visitados por los jesuitas don Francisco Patiño y Alejando Ortiz, quienes consideraron al Santuario como piedras encantadas, recomendando su protección.
El Santuario Nacional de Huayllay se crea junto con las Áreas Naturales Protegidas del altiplano de Bombón como son la Reserva Nacional de Junín y el Santuario Histórico de Chacamarca, mediante Decreto Supremo N° 0750-74-AG a propuesta del Comité de Celebraciones de Junín con Oficio N° 002-CCJ del 02 de abril de 1974, quien hace llegar las gestiones de las Autoridades políticas y comunales de Junín para que se establezcan Unidades de Conservación en la Pampa de Chacamarca, lago de Junín y Pasco, estableciéndose el Santuario Nacional de Huayllay en la provincia de Pasco con una superficie de 6815 Has describiéndose los límites. En este Santuario Nacional, las empresas comunales y las comunidades campesinas usufructuarias en posesión del área podrán realizar sus actividades pecuarias habituales, sin destruir el paisaje natural y con la prohibición absoluta de utilizar las formaciones geológicas como canteras, la tala de las especies vegetales arbustivas y la quema de pasturas; así como el ejercicio de la caza y/o captura de animales silvestres.
Categoría de manejo
La categoría o designación oficial del área protegida es Santuario Nacional. La legislación nacional define esta categoría "áreas donde se protege con carácter intangible el hábitat de una especie o una comunidad de flora y fauna, así como las formaciones naturales de interés científico y paisajístico".
Esta prohibido en ellos el asentamiento de nuevos grupos humanos y el aprovechamiento de los recursos naturales, a excepción de lo que la legislación establezca a favor de las comunidades y grupos ancestrales. Estos mantendrán el derecho al ejercicio de sus usos y prácticas tradicionales en la medida que sean compatibles con los objetivos primarios del área. Se permite el uso científico y recreativo bajo condiciones debidamente reguladas.
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